Auch wenn es erledigt ist. Der Artikel nutzt die 4er Version von AVRStudio nicht die 5er oder 5.1er Version. Daher kannst du unter den angegebenen Pfaden auch nichts finden. Ansonsten, wenn es nur UART sein muss, benutz doch den Arduino-Bootloader, der sollte auf dem Mega88 auch laufen, macht UART und gibt sich als stk200 kompatibler Programmer aus.

In AVRStudio 5 wirst du ihn nur mittels externer Tools und avrdude zum Laufen bringen. Was aber nicht die Schuld des Bootloaders ist, sondern an dem fehlendem Support von AVRStudio 5 liegt. Das Tool AVRProg was die meisten Programmer von Drittherstellern genutzt haben ist dort nicht vorhanden.