1. Ist relativ egal. Unterscheiden sich nur durch Größe der Speicher und Peripherie (Busse, Anzahl Timer, PWM-Channels und ADC-Channels usw.)
2. Dafür brauchst du einen ISP, gibt es sowohl für RS232, als auch für USB
3. Alle I/O-Pins laut jeweiligem Datenblatt
4. entweder du legst direkt 5V an oder nimmst einen 7805 mit nen paar Kondensatoren und legst da min. 7V an

Ich glaube, es wäre nicht schlecht, wenn du dir das hier mal anguckst:
http://www.rn-wissen.de/index.php/AV...leicht_gemacht
Hat mir bei meinem Einstieg auch sehr gut geholfen. Anfangs hatte ich den AVR auch einfach auf ein Breadboard gesteckt, reicht für den Anfang auch, später hab ich mir dann ein Board mit IC-Sockel und Steckplätzen zusammengelötet.

Für einen Überblick über die unterschiedlichen AVRs:
http://www.mikrocontroller.net/articles/AVR_Typen

edit:
Ich denke ich muss die Ausgangspins des Controllers mit gegenüberliegenden Pin verlöten und kann sie dann als I/O Pins benutzen oder?
Ich weiß nicht, was du damit meinst. Ob ein Pin nun Input oder Output ist, legst du im Code fest.