Noch ein kleiner Nachtrag.....
Genau genommen überträgst du nicht die Datei (also dein Programm) auf den Controller sondern vielmehr generiert dein Compiler (der in der Arduino IDE mitgeliefert wird) aus dem Programm (deiner Datei) ein Hex-File. In dem Hex-File steht dein Programm als Maschinensprache übersetzt drin. Und dieser Inhalt wird dann in den Flashspeicher kopiert.