Zu 1:

Du solltest die Businesslogik von der Präsentation entkoppeln. Du musst nicht zwingend auf einer Picturebox malen, dazu kannst du jedes Control nehmen. Implementiere dir die Notwendigen MouseEventHandler (MouseDown, MouseMove und MouseUp reichen schon) und dann kannst du die Zeichenlogik selbst umsetzen. Die GetPixel Methode des Bitmaps ist auch sehr langsam. Ich würde eher auf eine einfache Matrix zurückgreifen und die Auswerten. Die Matrix kannst du nach jeder Veränderung in ein Image überführen und das dann in der PictureBox anzeigen.

Zu den anderen Sachen kann ich erstmal nichts sagen, da ich mich vor 4 Jahren das letzte Mal mi ANN beschäftigt habe.

Dein Programm guck ich mir auf jeden Fall mal an.