Willst du mit dem RTC die µC aufwecken? SQW ist ja ein GPIO als Open-Drain (daher der Pullup, den du ja auch vorgesehen hast). Da tut sich ja die Vermutung auf, den AVR schlafen zu lassen und per DS1307 zu wecken. Allerdings würde das auch nur per IRQ gehen.

Oder du benutzt einen Mega88 und dessen PCINT.