Dein C# Programm wird die Daten nicht schnell genug aus dem (Virtual)COM Port holen. Vom Read bis zum DiscardInBuffer werden schon wieder Zeichen angekommen sein.
Ich halte 1kHz Update-Rate über den Port für sehr bedenklich und auch "unschön". Ein Update mit 10Hz würde doch mehr als reichen, oder?
Also immer 100 Werte im Controller sammeln und dann in einem rüber damit. Das lässt die Schnittstelle länger frei, reduziert den Overhead und du kommst mit deinem nicht so schnellen PC hinterher ;D