Der Bootloader geht auch nur mit dem bestimmten Programm. AVR werden normal über ISP programmiert. So einen solltest dir eh besorgen. Bootloader hin oder her.

Und vergiss ponyprog. Unter Linux wird avrdude das Flashwerkzeug deiner Wahl. Programmieren lässt sich sehr gut in Eclipse mit avr-eclipse Plugin. Bringt auch grafische Integration von avrdude mit. http://avr-eclipse.sourceforge.net/w...Eclipse_Plugin
Hier steht auch, welche Pakete noch für die Entwicklung notwendig sind: http://www.mikrocontroller.net/artic...on_unter_Linux