Der Unterschied ist einfach nur das die Spannung anders gemessen wird. Da die selbst induzierte Spannung genau entgegengesetzt anliegt wie die induzierte Spannung misst du natürlich eine negative Spannung.
Angenommen du nimmst eine Spule. Das eine Ende der Spule ist Rot und das andere Blau. Das rote Ende wird an Plus beim Multimeter angeschlossen und das blaue Ende bei Minus am Multimeter. Wenn du nun einen Magnet durch die Spule schiebst siehst du am Multimeter eine Spannung. Entfernst du den Magnet wieder siehst du eine negative Spannung. Diese entsteht, weil durch die Selbstinduktion der Spule die "Pole" vertauschst werden. Das heißt der rote Pol wird Blau und der blaue Pol wird Rot. Und die Anschlüsse am Multimeter bleiben natürlich gleich. Deswegen misst du eine negative Spannung, weil sich das Multimeter verhält als ob es falsch rum angeschlossen ist (wie z.B. wenn du die Spannung einer Batterie messen willst und die Plusleitung an den Minuspol hältst).