Nachtrag:

Kann mir noch jemand erklären, warum bei MotorDir(FREE,FREE); die Motoren frei drehen?

Um dies zu erreichen muss der Enable-Pin des jeweiligen Motors auf LOW gezogen werden. Das wären ja die beiden PWM-Pins OC1A und OC1B bzw. PB2 und PB3.

Nach meinem, scheinbar fehlerhaften, Verständnis wird ja so der PORTD bzw. PORTB komplett auf LOW gezogen. Davon unbeeindruckt dürfte doch aber die PWM-Einstellung sein wordurch die Enable-Pins nicht (dauerhaft) auf LOW gezogen werden.