Der Mikrocontroller soll seine Spannung (5V und Masse) vom Regler bekommen. Es soll nur keine direkte Masseverbindung z.B. über das Flachbandkabel vom Mikrocontroller zum Motortreiber geben; die Masse vom Motortreiber soll möglichst direkt zum Akku gehen.
Ggf. kannst du auch einen etwas höheren Kabelquerschnitt verwenden. Wie viel Strom ziehen denn die Motoren ungefähr?