Das kommt drauf an was für Zeiten du erreichen willst. Ein 16-Bit Timer kann (dadurch das er ein 16-Bit Timerregister hat) weiter zählen und braucht dem entsprechend länger um einen Überlauf zu bekommen als ein 8-Bit Timer.
Für eine Pause von 1 Sekunde nimmst du z.B. einen 16-Bit Timer bei 16MHz. Für kurze Pausen (im ms Bereich) reicht der 8-Bit Timer. Du kannst aber den 8-Bit Timer durch eine Zählerschleife erweitern, sodass du damit auch längere Pausen erzeugen kannst.
Bei der PWM ist das ähnlich. Wenn du ein 16-Bit PWM-Register hast, kannst du die PWM viel feiner einstellen als mit 8 Bit.