Es könnte an der dünnen Luft liegen: zum einen reduziert sich in der dünnen Luft die Kühlwirkung. Die Platte und auch der Rest des Computers kann also zu heiß werden. Das andere Problem könnte den Kopf der Platte selber betreffen, hier wird die Aerodynamik genutzt um den gewollten Abstand zur Platte Einzustellen - das könnte sich in dünner Luft verändern. Da wären SSD eventuell doch der sicherere Weg, oder wenigstens ein Backup der Daten auf DVD oder ähnlichem.
Vor 12 Jahren hab ich mal einen PC für etwa über 2000 m üNN gesucht: viele Hersteller hatten da ein Limit vom 2000 m für die Höhe.
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