Ich habe die ganze Schaltung mal vereinfacht und die Logik rausgeschmissen, weil es ja auch zu Beginn auch ohne funktioniert hat...

Bild hier  

X4-1 und X4-2 ist die Versorgungsspannung für Platine und Motor (12v und Ground).
X2-2 und X2-1 sind die Anschlüsse die an die Kontakte, die sich auf der Servoplatine befinden, an die Motoranschlüsse gelötet werden (der alte Motor wird ausgelötet. Der "gehackte" Servo wird dann an den Empfänger normal angeschlossen und mit 6v versorgt. Die H-Brücke, wie bereits erwähnt, mit 12v. Wieder alles angeschlossen lässt sich jedoch keine (mehr) Funktion feststellen.

Woran kann das jetzt liegen?