Die Zeit für die Messung kann recht kurz sein. Mit z.B. 10 nF als Kondensator liegt die Zeit bei maximal 1 ms. In der Zeit bewegt man den Poti nicht viel. Es dauert dann auch nicht so lange bis der Kondensator ganz leer ist, die Entladung geht über einen kleineren Extra Widerstand zwischen IO Pin und dem Kondensator - da reicht dann auch schon deutlich weniger als 1 ms zum entladen - also die Zeit in der der andere Kanal gemessen wird.
So schlecht muss das von der Genauigkeit auch nicht sein, das Problem wird vermutlich eher die Einkopplung von Störungen sein, als die Fehler des Messprinzips.