Ein Bootloader wird normalerweise dafür verwendet um Updates aufzuspielen. Kennst du vielleicht von deinem Smartphone
Der Bootloader dient als Chipinterner Programmer, allerdings kannst du damit nicht direkt die Fusebits ändern. Wenn du die Fusebits ändern willst musst du das in dem Programm machen, sodass der Controller die Bits ändert. Du kannst z.B. die erste Programmierung deines Chips mit einem Programmer machen und den Chip dann auf eine Platine stecken und brauchst dann keinen ISP mehr mit auf die Platine zu machen. Wenn du dann nämlich eine RS232 Schnittstelle mit auf die Platine machst (oder vielleicht ist ja sowieso schon eine vorhanden) kannst du diese bequem nutzen um eventuelle Verbesserungen deiner Software aufzuspielen. So funktioniert das heute bei allen elektronischen Systemen wo du ein Update aufspielen kannst. Im Werk wird die eigentliche Programmierung der Chips vorgenommen und dann kann mittels Bootloader ein einfaches Firmwareupdate eingespielt werden. Du kannst das Update auch über andere Wege als über RS232 einspielen z.B. über Ethernet.