Die Atmegas dürfen auf keinen Fall heiß werden. Entweder sind die Atmegas defekt oder du hast die Schaltung nicht so aufgebaut. Kann es sein das du einen Kurzschluss o.Ä. in der Schaltung hast? Versuche einmal nur den Atmega am an 5V anzuschließen (mit Widerstand zum Reset Pin). Den Programmer entfernst du. Wenn der Atmega heiß wird hast ist der Atmega defekt. Anschließend verbindest du immer einen Anschluss mit der Schaltung (z.B. Reset dann Mosi dann Miso). Dazwischen aber immer testen ob er heiß wird. Du solltest die Schaltung aber immer abschalten wenn du etwas anschließt.

MfG Hannes