Warum gehst du den Umweg über die virtuelle Maschine / AVRStudio?

Zum flashen kannst du avrdude verwenden und zum C proggen gibts die Pakete von AVR-GCC (gcc-avr, avr-libc). Wenn du in Assembler programmieren willst, dann bist du natürlich auf das AVRStudio (zummindest den Assembler) angewiesen.

Zum flashen empfehle ich immernoch avrdude (ist besonders unter Ubuntu und dergleichen einfach zu installieren, da beriets in den Paketquellen enthalten)

MfG

Torrentula