Sicherlich ruckelt der Motor bei niedriger Drehzahl, er springt quasi von Schritt zu Schritt. Das ist zweifellos eine Quelle von Geräusch und Vibration. Eine weitere Geräuschquelle ist die bei niedriger Drehzahl aktive Stromregelung. Normalerweise sollte man nicht annehmen, das sich das Rührgut daran stört (aber Du hast uns Deinen Prozess auch kaum erklärt). Mögliche Abhilfen hat Geistesblitz schon erläutert, ich möchte noch eine elastische Lagerung des Motors (Gummilager) als zusätzliche "Befriedungsmaßnahme" hinzufügen.
Falls Du eine durchsteckbare Rührwelle haben willst, wirst Du um ein Getriebe für den nötigen Wellenversatz nicht herumkommen, das könnte dann ein vibrationsdämpfendes Riemengetriebe sein.