Hi,
also ich versuchs nochmal:

Kann leider nicht beurteilen, ob Du nicht auch Timer2 anstelle Timer1 für die PWM der Phasenansteuerungs nehmen kannst.

So wie ich das Datenblatt verstehe, ist es mit Timer2 nicht vorgesehen, Interrupts im Phase Correct PWM bei TOP und BOTTOM zu nutzen.

Für Timer1 geht es nach Tabelle 39, Seite 98 im Datenblatt nur für die Modes 8, 9, 10 und 11.
Modes 1, 2, 3 scheinen mir keinen Interrupt bei TOP auszulösen.

Einstellung des Modes 8 :
CONFIG TIMER1 = TIMER , PRESCALE = x
SET TCCR1B.WGM13
SET - noch weitere Einstellungen zB welche Pins als Output genutzt werden sollen
(hab dazu keine Erfahrung, wie das mit dem CONFIG TIMER Kommando geht. Ich benutze immer SET Anweisungen)

TOP Wert einstellen im Register ICR1
ICR1 = x

Pulsweite einstellen im Register OCR1A oder OCR1B (je nachdem welche PWM Output Pins am µC genutzt werden sollen)

Interrupts:

ENABLE ICP1
ENABLE OVF1

ON ICP1 ISR_TOP
ON OVF1 ISR_BOTTOM

ENABLE INTERRUPTS

Timer1 ist ja 16 Bit und läßt sich für Deine gewünschte Funktion nicht auf geringere Auflösung umstellen!?
Timer2 ist 8 bit und könnte für Phasenansteuerung noch gehen ???

PS: Kann das leider nicht testen.

Gruß
Searcher