Du kannst das JTAG auch zu Laufzeit abschalten ohne Fuses zu setzen. So mach ich das weil ich das JTAG zum Programmieren brauch ... und nach dem ganze Port-Initialisierungszeugs wird dann bei mit das JTAG abgeschaltet. Wenn du dem AVRStudio dann noch sagst dass es mit dem JTAG immer den Reset ziehen soll kannst du das ohne Änderungen auch zum upload verwenden.
Allerdings musst du das Deaktivieren in ASM machen, alles andere war bei mir zu langsam.