Wenn man etwas Interrupt steuert wird das nur ausgeführt wenn es nötig ist (wenn ein Interrupt eintritt). Du kannst dann im Hauptprogramm z.B. Berechnungen und ähnliche Dinge tun.
So wie es aussieht hast du fast keine Erfahrung. Du solltest ein Tutorial durchlesen wie z.B. http://www.mikrocontroller.net/artic...R-GCC-Tutorial. Dort steht das wichtigste drinnen. Wie du etwas einstellst (z.B. Interrupt aktivieren) steht alles im Datenblatt des jeweiligen Controllers. Die einzelnen Register die du z.B. beim UART benötigst sind nur UCSR1A bis UCSR1C (für die Einstellungen). Wie du Interrupts verwendest steht im Tutorial. In diesem Forum wird zwar geholfen, es ist aber Eigeninitiative gefragt (nicht Böse sehen).

MfG Hannes