Zu 1) Es ist egal welchen Controller du nimmst. Wenn du bisher PICs verwendet hast kannst du diese auch weiterhin nutzen. Der Atmega (und Attiny) ist von Atmel, PIC von Microchip. Das sind 2 verschiedene Firmen. Das Programm musst du selbst schreiben. Das Programm von der Internetseite ist in Bascom geschrieben und für den Atmega ausgelegt (mit benötigten Bibliotheken). Je nach Programmiersprache bzw vorhandenen Bibliotheken musst du das Programm selbst schreiben. Du musst dazu Datenblatt lesen und die Programme selbst erstellen (eventuell auch Bibliotheken).

Zu 2) Du kannst Platinen fertigen lassen. Teilweise bieten User dieses Forums ihre Dienste an. Es gibt aber auch Firmen (relativ teuer, dafür professionell) die Platinen herstellen. Du brauchst aber nicht nur einen Plan sondern eine fertig geplante Platine. Das bedeutet du musst den Plan zeichnen und anschließend die Platine planen. Wenn die Platine fertig geplant ist gibt man die Datei(en) dem "Hersteller", egal ob Privat oder Firma.
Ob das schwierig zu löten ist hängt von deiner Lötkunst ab. Es gibt welche die können nur THT-Bauelemente Löten (normale Bauelemente im z.B. DIP Gehäuse). Andere können aber auch noch 0603 oder noch kleinere Löten. Ich habe schon 0603 Bauelemente gelötet, ist zwar schwierig aber nich unmöglich. Hier habe ich etwas gefunden http://www.modellbau-board.de/elektr...bauformen.html

Zu 3) Die Atmegas haben je nach Typ eine max. Versorgungsspannung von bis zu ca. 5,5V. Über diese Spannung darf man nie gehen da sonst der µC (und die restlichen Bauelemente) kaputt geht (egal welcher bzw welches)Welche Spannung du minimal benötigst steht im Datenblatt (alle ICs kontrollieren). Ist die Spannung außerhalb der Grenzen muss man mehr Batterien/Akkus nehmen (falls Spannung zu niedrig) bzw einen Spannungsregler (falls Spannung zu hoch).

Zu 4) Die Kleine Platine auf dem Steckbrett ist vermutlich nur der em... mit externer Beschaltung wie Kondensatoren,... Somit ist das Steckbrett nur zur Verbindung zwischen der µC Platine und der RFID Platine. Was du wie verbinden musst steht im Datenblatt zum em...

Zu 5) Je mehr du vorbereitest dauert es länger oder kürzer. Ist die Schaltung schon fertig (gefertigt und gelötet) oder musst du die Platine erst aufbauen (bzw am Steckbrett aufbauen). Ist das Programm fertig oder willst du das Programm bei der Bachelor Arbeit schreiben. Das Programm wird vermutlich das heikelste. Da du das Programm schreiben musst und anschließend debuggen. Je mehr Fehler du einbaust (von einfachen wie z.B. Schreibfehler o.Ä. bis zu schwierigen wie falsche Ansteuerung des em,...) desto mehr musst du debuggen.
Deswegen ist es schwer zu sagen wie lange du dafür brauchst. Es gibt Leute die haben sehr viel Erfahrung und haben so eine Schaltung (mit der Fertigung der benötigten Teile) in 2 Tagen. Andere haben in der Zeit nichtmal noch einen Schaltplan.

MfG Hannes