Nachtrag:

Hab mein Problem gefunden: Ich habe vergessen eine Variable im SRAM zu initialisieren. Besagte Variable hatte also einen mehr oder minder zufälligen Wert. Blöder Weise wurde diese Variable am Anfang eingelesen und war für eine Sprungadresse zuständig. Deswegen ist der Mega88 irgendwo hin gesprungen und ist dann hängen geblieben oder hat sonstigen Mist gemacht, auf jeden Fall nicht mehr das Programm ausgeführt.
Scheinbar setzt aber entweder der ISP oder der AVR selber beim flashen den SRAM auf 0 (oder war das Zufall??). Die Spannung die auf den Programmier-Pins des ISP war dann ausreichend dass der AVR seinen SRAM nicht vergessen hat. Gleiches gilt für den USB-Stecker. Hier war die Versorgungsspannung des USB-Steckers eigentlich nur dazu da den FTDI aus dem RESET zu holen. Hat aber eine minimale Spannung auf den Vcc-Pin weitergeleitet und verhinderte eben das Vergessen des SRAM.

Manmanman... so ein doofer Minifehler hat mich jetzt so lange beschäftigt.

Danke euch für eure Mithilfe!

MfG

Schoko