Wenn du ein STK500 hast brauchst du doch keinen USB-Programmer mehr. Damit kannst du ISP- und HV-Programming.
Da ist ein verfusder Kontroller kein Problem mehr, da kannst du dir sogar den Reset-Pin abschalten.
Deine vorgeschlagene Einstellung ist richtig. Start-up Time ist die Zeit vom anliegen der Spannung bis zum Arbeitsbeginn des µC.
Längere Startzeiten können nützlich sein wenn noch anderer Bauteile vorhanden sind die etwas länger zum Starten brauchen.