Nein. Du hast den Fehler, weil er beim Übersetzen von LedAndButton.c den Header AT90Lib.h nicht findet. Dass es noch eine weitere Source-Datei gibt, die in einem anderen Ordner liegt, interressiert den Compiler beim Übersetzen von LedAndButton.c nicht die Bohne. Es interessiert ihn nicht nur nicht, er weiß es auch gar nicht. Jede Source-Datei wird separat und unabhängig von den anderen übersetzt.
Es gibt in deinem Makefile bereits eine vorbereitete Variable für deinen Fall. Du musst es nur durchsehen und die Kommentare lesen.
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