Die Verschaltung mit den beiden Shunts geht so schon, das Problem ist, das beim kleinen Shunt der Relaiskontakt direkt in Reihe zum Shunt liegt, also mit zum Widerstand zählt. Das kann schon merkliche Fehler verursachen. Man kann das Vermeiden, wenn man die Shunts erstmal in Reihe hat, und den Punkt umschaltet, wo man den Strom einkoppelt - so ähnlich wie die Schaltung bei einem Multimeter. Damit die Spannung beim Umschalten nicht zwischendurch zu hoch wird, könnte man eine Diode einplanen, oder man nimmt ein Relais mit 2 Kontakten.

Bei der Schaltung mit dem Stromsensor ist keine ganz einfache Schaltung. Der OP muss nicht die ganze Spannung als Versorgung haben, man kann auch eine "fliegende" Versorgung nehmen, relativ zur Spannung am einen Ende des Shunt. Bei der Schaltung mit einem normalen Transistor darf der OP auch recht langsam und damit sparsam sein - die Versorgung für den OP kann man dann mit Widerstand und Zenerdiode auf z.B. 5 oder 10 V einstellen relativ zur Spannung am Shunt. Ein Link für eine theoretisch passende Schaltung: http://www.linear.com/product/LTC6101
Man muss nicht die Schaltung nehmen - es geht mehr um das Prinzip der Schaltung

Den Shunt low side einzubauen geht bei einem Doppelnetzteil nicht, denn der Shunt weiss nicht von welchem Regler der Strom kommt, bzw. misst nur die Differenz. Man kann es sich ggf. einfach machen und den Strom vor dem Regler messen und dann den kleinen Zusatzstrom korrigieren. Man hat dann immer noch die Spannung von ca. 50 V relativ zu GND, wenigstens ist die Spannung da etwa konstant - das macht die Schaltung schon etwas einfacher.

Wenn die Spannung bei Belastung größer wird, ist das kein gutes Zeichen - das könnte heißen das die Schaltung irgendwie schwingt, oder zumindest ganz dicht dran ist. Als erste Gegenmaßnahmen ein Kondensator von ca. 1-10 nF an dem OP (Ausgang nach inv. Eingang) - das macht den Regler langsam aber vermutlich stabil.