Ich bin ja selbst kompletter µC-Anfänger, kenne ich aber mit C, make u.ä. aus. Hast Du vielleicht eine Fehlermeldung, dass eine Include-Datei fehlt? Dann müsstest Du im Makefile evtl. noch den Pfad zum Include-Verzeichnis des avr-gcc in den Include-Pfad aufnehmen. Oder sowas wie

#include <io.h>

oder

#include "io.h"

ins Sourcefile eintragen.

viele Grüße
Andreas