Bei solchen C# spezifischen Fragen lohnt sich immer ein Blick auf www.mycsharp.de .Ich denke mal dass man dir dort eher weiter helfen kann als hier.
Ich könnte mir vorstellen, dass wenn du die Dll zwei mal geladen hast, dass die Reflection Probleme hat verschiedene Verweise aufzulösen, da nun [A] und [B] zur Verfügung stehen in denen allerdings die gleichen Klassen usw. definiert sind.
EDIT: Gut wenn dus selber gelöst hast. Ich hätte noch interesse am Code
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