Hast du beim Getriebe mit Encoderscheibe eine Abdeckung? Ich hätte bedenken wegen Staub/Schmutz. Ich würde eine Abdeckung machen.

Welchen Bus du nimmst bleibt eigentlich dir überlassen.Ich würde eine UART Schnittstelle nehmen. Damit hättest du den Vorteil das du über PC debuggen könntest. Ansonsten könnte, wenn etwas nicht funktioniert, vom µC1 oder vom µC2 kommen. Die beiden µCs würde ich über Steckverbinder verbinden (damit man mit dem PC debuggen kann).

PS: Protokoll und Busssystem ist nicht das Gleiche. Hier am Beispiel vom CAN Bus http://de.wikipedia.org/wiki/Controller_Area_Network
Protokoll ist nur das Verfahren wie die Daten auffgeteilt wird u.Ä.

MfG Hannes