Ich bin in dem Thema auch nicht 100% fit. Aber so habe ich es damals verstanden:
Der Bootloader initialisiert einen Teil der Hardware (u.a. die Kommunikation über UART und Co.) damit du über den USB-Adapter oder was halt beiliegt programmieren kannst. Der Bootloader ist im Prinzip auch "nur" ein normal geschriebenes Programm welches aber in einem speziellen Bereich des Speichers abgelegt wird.
In den Fuses kannst du einstellen, dass
a) der Bereich mit dem Bootloader geschützt wird (so kannst du auch über ISP Programme flashen ohne den Bootloader zu beeinflussen) und
b) wie groß der reservierte Bereich für den Bootloader sein soll.
Wie es beim RP6 ist kann ich nicht genau sagen, ich weiß nur, dass wir bei einem Projekt auf Basis eines Asuros (ich war für die Mechanik zuständig) Teile des Bootloaders brauchten damit die vorgegebenen Funktionen (wie MotorSpeed(); MotorDir(); ect. funktioniert haben.
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