Servus noch nachträglich,

hatte das gleiche Problem, der mega16 kommt anscheinend mit einem
voreingestellten Takt von 4MHz/Div8. Das paßt dem STK500 irgendwie nicht recht. Es sollte reichen, den STK500 auf z.B. 100kHz einzustellen. Dazu beim Oscillator 100000 eintragen und "Write Osc" anwählen.

Sollte klappen