Jop genau.
Das mit der 16bit Zahl in einem Timerregister kann schon deswegen nicht funktionieren weil die AVRs alle 8bit Prozessoren sind. Und über einen 8bit Datenbus kannst du keinen 16bit Timerwert schicken
Deswegen musst du die Zahl aufteilen. Und das macht man so wie du gesagt hast.
Und ich glaube du musst das Timer High Register als erstes beschreiben und dann das Low Register.