In deiner Timer 1 ISR lädst du 49911 in das Timer Register. Ich weiß jetzt nicht welchen Controller du hast aber ich meine bei allen AVRs wären die Timerregister nur 8bit breit. D.h. du musst die 49911 in High und Low aufteilen und in das High bzw. Low Register schreiben. Du kannst keine 49911 in ein 8bit Register quetschen.
Ich denke das sollte das Problem lösen.