Und zwar muss ich einen "relativ" schnellen Impuls zählen, ca. 2-3 impulse pro Sekunde.

Hast Du das vielleicht etwas genauer? Möchtest Du zählen wie viele Impulse pro Sekunde kommen, oder wie lang die Impulse sind, oder welcher Zeitabstand zwischen zwei Impulsen liegt?

Debouncen (d.h. entprellen) muss man eigentlich nur bei Tastern. Eine Lichtschranke müsste eine saubere Flanke abliefern, so dass Du den Debounce-Befehl gar nicht brauchen solltest.

Wie wär´s denn, wenn Du mit dem Lichtschranken-Signal direkt einen der externen Interrupts (INT0 oder INT1) auslöst? Dann wird die dazugehörige Aktion sofort ausgeführt, egal wo sich Dein Programm gerade befindet.