Und zwar muss ich einen "relativ" schnellen Impuls zählen, ca. 2-3 impulse pro Sekunde.
2-3 Impulse pro Sekunde ist soooo langsam, dass Dein Controller vielleicht einfach nur vor langer Weile stirbt Nee, aber im Ernst: "Schnell" ist was anderes! Diese zeitlichen Größenordnungen sollten den Controller wirklich nicht vor unlösbare Aufgaben stellen!

Woher kommt denn der Impuls - von einem Taster? Wenn ja, besteht die Möglichkeit, ihn hardwaremäßig zu entprellen, z.B. mit einem Widerstand, einem Kondensator und ´nem Schmitt-Trigger?

Und hilfreich wäre es, wenn Du Deinen Programm-Code mal postest. Ohne den ist es schwer zu sagen wo der Fehler liegen könnte bzw. wie er sich beheben lässt-...