Hallo!

Am einfachsten wäre eine (Schottky) Diode (D) zwische Akku und Pufferelko für µC (siehe Code), natürlich nur dann, wenn die Störungen sicher durch VCC verursacht sind.
Code:
                       D

      Antrieb  <-----+->|-+-----> µC
     (Motoren)       |    |+
                     -   ===
               Akku ---  /-\
                     |    |
                    ===  ===
                    GND  GND

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