Jedoch was ich noch nicht ganz in diesem Zusammenhang verstehe ist, wieso der Taster erneut prellt. Hierfür wurden doch die PullUP Widerstände gesetzt (Portd = &B11111111 ).
Der PullUp-Widerstand kann das Prellen eines Tasters nicht verhindern! Sein Job ist es, den Eingangspin auf ein sauberes "High" zu ziehen, wenn der Taster nach Masse hin geöffnet ist, d.h. der Pin "frei in der Luft" hängt. Wenn der Taster nach Masse geschlossen wird, gibt es meistens nicht nur einen einzigen, sauberen H-L-Übergang, sondern die Kontakte können halt ganz kurz ein paar mal hin und her schwingen, bevor sie ihre neue Position erreichen. Auf einem Oszi kann man sehen, dass tatsächlich oft ein paar H-L- und L-H-Übergänge hintereinander kommen -eben weil der Taster prellt.

GIFR.INT1 bzw. GIFR.INT0 auf 1 zu setzen wäre genau das, was ich auch versucht hätte, um die Folgen eines Nachprellens in der ISR zu beheben. Seltsam, dass es nicht klappt... Und Du hast es auch richtig zugeordnet, d.h. am Ende der ISR vom INT1 wird GIFR.INT1 auf 1 gesetzt, und das selbe mit ISR INT0 und GIFR.INT0?