Das mit den EPIA-Boards (und dessen Schwachstellen) ist mir bekannt.
Daum plane ich den Einsatz eines PC104-Boards.
Dieses ist um einiges kleiner als ATX, hat einen PentiumM und sogar GIGAbit Lan, sodass der Server auch 'zukunftssicher' ist.
Das Boards benötigt nur 5V und hat eine Leistungsaufnahme von ca. 25W.

Die 12V werden aber für die 3.5"-Festplatte(n) benötigt.

Es gibt zwar Spannungswandlerplatinen von 12V auf ATX, die erzeugen aber neben den Spannungen auch 3,3V und auch die negativen Spannungen. Da ich diese Spannungen aber nicht brauche, fällt der Wirkungsgrad der Schaltung ziemlich schwach aus.