Also, ohne mich groß in den SNES-Controller eingedacht zu haben, fällt mir schon mal ein "klassischer" Fehler auf:
Du konfigurierst C.2 als Input, schreibst dann aber "Print PORTC.2". Ich nehme ja mal an, dass Du den Eingangspegel an C.2 meinst - diese müssen aber über die PIN-Register abgefragt werden (also Print PINC.2). Mit PORTC.2 beeinflusst Du den PullUp-Widerstand, der aktiviert wird, wenn PORTC.2 1 ist (und nicht 0).

Darüber hinaus fällt mir auf, dass Du in der langen "Elseif"-Schleife für alle I-Werte genau das gleiche machst, nämlich Print PORTC.2. Mal davon abgesehen, dass wahrscheinlich PINC.2 gemeint sein dürfte, könntest Du das Ganze wesentlich einfacher haben:

Code:
Portc.1 = 1
Waitus 12
Portc.1 = 0

For I = 0 To 15
Waitus 6
Portc.0 = 0
Print PINC.2
Waitus 6
Portc.0 = 1
Next I' 

---------------------------------------------------------
------------------ Hauptprogramm Ende -------------
---------------------------------------------------------

Print "Ende"
Wait 1
Loop
End