Du kannst, wie 021aet04 schon anmerkte, den Timer auch auf ein externes Signal reagieren lassen. Bei Atmegas gibt es Register, mit denen du den Prescaler einstellst aber auch den Timer darauf einstellen kannst auf eine steigende oder fallende Flanke an einem Pin zu reagieren und in diesem Fall das dem Timer zugehörige Zählregister inkrementieren lassen.