Mit dem µC kenn ich mich leider nicht aus. Aber wie schon gesagt:

Bei den meisten (allen?) AVRs gibt es ein Register für den Timer um diesen zu konfigurieren. Man hat die Wahl zwischen zwei "Zählweisen"

1. Der Zähler zählt mit dem µC-Takt, evtl. verrechnet mit einem Presceler, hoch, der überwachte Pin für die zweite Zählgeschwindigkeit hat keinen Einfluss
2. Der Zähler zählt bei jeder steigenden oder fallenden Flanke um jeweils 1 hoch, der µC-Takt hat keinen Einfluss auf die Zählgeschwindigkeit

Ich schätze mal, so eine Einstellung dürfte es auch bei deinem µC geben.