Bei ner 12V Spannungsversorgung würden sich doch 12V Motoren anbieten. So bleibt es auch im Bereich der Schutzkleinspannung. Die Treiber für die Motoren werden so oder keine Kleinigkeit und sicher nicht gerade billig. Auf http://www.shop.robotikhardware.de wirst Du da einiges finden, ebenso wie entsprechende Controller Boards.

Zu Mikrocontrollern (insbesondere AVR) findet sich eigentlich alles hier im Wissensbereich: http://www.rn-wissen.de

Das AVR Tutorial ist auch lesenswert und sollte fast alle Fragen beantworten: http://www.mikrocontroller.net/articles/AVR-Tutorial