Beim LED Cube nutzt man in der Regel eine Matrixansteuerung: Die LEDs einer Ebene werden mit den Kathoden zusammenschaltet und kommen damit an einen Treiber oder Transistor. Die Treiber sind nötig, denn hier geht der Strom von bis zu 9 LEDs gleichzeitig durch (bis knapp 200 mA in diesen Beispiel).

Die LEDs werden zwischen den Ebenen an den Anoden verbunden - hier je 3 zusammen, aus jeder Ebene eine. Von den 9 LED Gruppen geht es dann mit einem Vorwiderstand zu µC Ausgängen. Bei nur 3 Ebenen sollten die Ausgänge des µC noch kräftig genug sein. Ein Vorteil der Matixschaltung ist das man auch weniger Leitungen braucht und die dann im LED Cube nicht so stören. Für den 3x3x3 Cube braucht man nur 9+3 = 12 Leitungen statt sonst 27 + GND.
Die LED leuchten damit nicht alle gleichzeitig, sondern immer nur eine Ebene zur Zeit. Für eine kurze Zeit von vielleicht 5 ms leuchten dann die LEDs einer Ebene, und danach wird auch die nächste Ebene gewechselt. Eine geringer Helligkeit bekommt man wenn der Puls für die LED kürzer ist. Für den Anfang reicht es aber wenn die LEDs nur an/aus gehen. Eine Variable Helligkeit ist dann der nächste Schritt.