Auch wenn man einen Bootloader drauf hat, kann man weiter per ISP programmieren. Nur wenn man den Reset Pin als IO-Pin nutzen will, oder das ISP Interface explizit abstellt, geht es so nicht mehr. Per HV Programmierung kommt man immer wieder zurück, braucht aber einen passenden Programmer (z.B. STK500, Dragon,...) dafür.

Es hängt vom Bootloader ab, ob der PC Zugriff auf den Reset Pin haben sollte. Oft reicht es auch erst die Verbindung zum PC herzustellen und dann von Hand einen Reset auszuführen. Gleich nach dem Reset läuft erstmal der Bootloader und wenn der den PC nicht findet, läuft dann in der Regel das normale Programm weiter. Wie der PC erkannt wird - ist ein Unterschied zwischen den verschiedenen Bootloadern.