... eine Messung ohne Last und konstanter drehzahl und eine Messung mit z.b. einem 100 Ohm Widerstand -dann kann ich schon mal Ri genau ausrechnen ?
Das dürfte durchaus so funktionieren.

wie dimensioniert man dann solche Kondensatoren -das die nicht zu klein werden ?
Wenn wirklich eine Spannungsverdopplung stattfinden soll, dann müßte der Generatorausgang, der an den Kondensatoren hängt eine konstante Spannung (halbe Ausgangsspannung) haben. Weil aber Strom über den Generator fließt ist das in der Praxis nicht erreichbar. Wenn man die Ladungsmenge kennt, die pro Halbwelle fließt, kann man sich mit der Kondensatorformel ausrechnen, wie stark die Spannung an der Verbindung der Kondensatoren schwankt. Gefühlsmäßig (ich kenne aber Deine Schrittmotoren nicht) würde ich nicht unter 1000 Mikrofarad anfangen.

Für den Verbraucher müßte ich den Innenwiderstand ja dann auch ermitteln
Dr wird stark Spannungsabhängig sein, Der Innenwiderstand des Akkus (falls bekannt) dürfte schon eine brauchbare Näherung sein.