Das Makefile is quasi so ne Art »Bauanleitung« für dein Projekt. Prinzipiell kannst du mit mit jedem normalen Compiler eine C-Quelldatei übersetzen a la "gcc -o hello hello.c". Beim WinAVR machst du Cross-Compiling, das ist etwas aufwändiger und im Makefile steht dann drin welche Schritte in welcher Reihenfolge gemacht werden. Dafür gibts dann das o.g. »make«, was das Makefile auswertet und dann die nötigen Schritte abarbeitet.

bei winavr ist dafür auch ein schönes Programm dabei, das ein passendes Makefile erstellt
das Programm heißt mfile.