Es wird ein 16bit Timer verwendet (muss ja, da der 8bit Timer nichts mit PWM zutun hat).
Der Satz in der Klammer macht keinen Sinn. Auch die 8-Bit-Timer haben PWM-Modi.

Was ich dann aber gar nicht verstehe ist, wie dort OCR1A/OCR1B verwendet werden. Erstens dachte ich, dass die bei einem 16bit Timer OCR1H/OCR1L heißen, also H und L für High und Low, weil ja beide zusammen nur Eine große Zahl darstellen.
In C kannst du über OCR1A die beiden Register OCR1AH/OCR1AL als ein gemeinsames 16-Bit-Register ansprechen (entsprechend OCR1B und OCR1BH/OCR1BL). Und es ist auch sehr ratsam, das so zu machen, denn dann brauchst du dir über die Reihenfolge keine Gedanken machen (die H/L-Register können nämlich nicht in beliebiger Reihenfolge gelesen/geschrieben werden).

Aber die in dem Beispiel setzten beide einfach auf 127, womit man doch eine zahl > 32k hat. Das ist um einiges größer als 255. Wo liegt mein Denkfehler?
Aus vorigem und diesen Zitat ergibt sich, dass du wohl irgendwie übersehen hast, dass es hier um 2 (bzw. 4) separate Register geht.

Ganz oben wird außerdem gesagt, dass das PWM-Signal an PD5/OC1A und PD4/OC1B ausgegeben wird. Heißt das man hat an beiden PINs einfach das selbe Signal oder kommen da verschiedene an (wenn verschiedene ankommen, wo wurde dann gesagt wie der zweite sich bei Compare Match bzw. Überlauf verhalten soll?).
Das eine Signal ergibt sich aus OCR1A, das andere aus OCR1B. Es sind zwei PWM-Kanäle (A und B) in einem Timer.