nun ja, je nachdem was du machst ... das JTAG kann den Prozessor halt _anhalten_. Ob der dann in einem stabilen Zustand ist (z.B. Motoren aus) kann der natürlich nicht entscheiden. Aber wenn du eine entsprechende Umgebung hast (z.B. Motoren durch LEDs ersetzen oder so ...) ein geniales Debugging-Tool. Vor allem wenn du einzelne Schritte im Single-Step-Betrieb durchgehen willst.
IRQs zu debuggen tut damit natürlich auch nicht sonderlich toll weil die (externen) Events natürlich weiterlaufen (hatte das mit dem USART).