Wenn ich das richtig verstanden habe besteht dein Problem darin das der Controllert den INT1 ignoriert sobald der INT0 ausgelöst wurde?
Wenn das so ist liegt das daran das der INT0 von der Priorität höher liegt als der INT1.
Das kannst du hier nochmal nachlesen:
http://www.tschallener.net/AVR/Inter...ikATmega32.pdf