ich hab die timerflags jetzt nicht auf Richtigkeit geprüft, vom Prinzip her okay, aber noch besser wäre es in dem speziellen Falle, in der main Schleife eine

if(delaytimer == 0) Bedingung einzubauen, bei der du dann den delaytimer neu setzt und den pin toggelst

so kannst du in der Zeit wo dein delaytimer mit " if ( delaytimer > 0 ) delaytimer--; " in der ISR dekrementiert wird noch in der main andere sinnvolle dinge tun, wie ankommende bytes aus SPI/UART auszuwerten